Bendera rasmi Wilayah Persekutuan sejak 23 Mei 2006
Wilayah Persekutuan ialah wilayah yang ditadbir secara langsung oleh kerajaan Persekutuan Malaysia dan ditadbir di bawah perundangan Kementerian Wilayah Persekutuan. Tidak seperti negeri-negeri lain bagi Malaysia, Wilayah Persekutuan tidak diperintah oleh kerajaan negeri, sebaliknya terletak di bawah pentadbiran Persekutuan dan diperintah oleh Yang di-Pertuan Agong. Terdapat tiga bahagian dalam Wilayah Persekutuan, iaitu Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya. Daripada ketiga-tiga bahagian ini, Kuala Lumpur merupakan ibu kota Persekutuan, Labuan merupakan Pusat Perniagaan dan Kewangan Antarabangsa (IBFC) manakala Putrajaya merupakan pusat pentadbiran
Bendera Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur
Bendera Wilayah Persekutuan Labuan
Bendera Wilayah Persekutuan Putrajaya
Bendera British Colony yang diguna pakai sebagai bendera Labuan dari 1912-1946
Kuala Lumpur ditubuhkan sebagai Wilayah Persekutuan pada 1 Februari 1974, lalu menjadi ibu negara Malaysia. Pentadbiran Kuala Lumpur diletakkan di bawah Dewan Bandaraya Kuala Lumpur. Kuala Lumpur merupakan pusat perundangan dan menempatkan Bangunan Parlimen. Pada 16 April 1984, Labuan yang dahulunya sebahagian daripada pentadbiran Sabah dibawa masuk kedalam Wilayah Persekutuan dan diletakkan di bawah pentadbiran Perbadanan Labuan. Pada 1 Februari 2001, Putrajaya ditubuhkan sebagai Wilayah Persekutuan ketiga dan diletakkan di bawah pentadbiran Perbadanan Putrajaya. Putrajaya kemudiannya menjadi pusat pentadbiran yang baru bagi Malaysia.
